Tuy nhiên, theo bà Liễu, mặc dù các đơn vị được giao tự chủ chi hoạt động thường xuyên nhưng một số chi phí như khấu hao tài sản, chi phí đào tạo, bồi dưỡng cán bộ, chuyển giao công nghệ, nghiên cứu khoa học chưa được tính vào giá dịch vụ khám chữa bệnh… nên các BV cũng còn đối mặt với nhiều khó khăn.
Một trong những vấn đề được đại biểu quan tâm là khi giao tự chủ tài chính cho các BV thì sẽ dẫn đến vấn đề tăng thu. “BV tự chủ hoàn toàn thì doanh thu là tiên quyết nhất, nếu đơn vị đặt doanh thu hàng đầu thì ít nhiều nhân văn sẽ giảm”, đại biểu Nguyễn Thị Việt Tú nêu.
Còn theo đại biểu Trần Hải Yến, khi giao tự chủ sẽ khuyến kích các BV đầu tư bằng nhiều hình thức. Nhưng mọi cái đều thực hiện theo đúng quy định giá thu, nếu thu quá cao thì không được mà thu không đảm bảo trang trải kinh phí cho BV thì khó, vậy giải quyết vấn đề này thế nào?
Một điểm đáng lưu ý là theo các đai biểu, khi giám đốc các BV đặt ra nhiều cách thức thu về cho BV, giải quyết chế độ cho nhân viên thì đối mặt với pháp lý dẫn đến bị kiểm điểm trách nhiệm. Vì hiện tại chưa có hướng dẫn xây dựng cơ cấu giá dịch vụ rõ ràng.
Theo bà Thi Thị Tuyết Nhung, Trưởng Ban văn hóa - xã hội HĐND TP, qua những cuộc khảo sát, bà thấy ở BV công thì bệnh nhân khám, chữa bệnh bảo hiểm y tế phải chờ lâu hơn dịch vụ. Bà đề nghị Sở Y tế có kiểm soát về khám chữa bệnh bảo hiểm y tế và dịch vụ trong BV công.
BS Hoàng Thị Diễm Tuyết, Giám đốc BV Hùng Vương, cho rằng bên cạnh việc giao cho các BV tự chủ toàn phần có thuận lợi là BV tự chủ đầu tư, mua sắm và cũng là có điều kiện giữ chân nhân lực thì còn nhiều bất cập trói buộc BV .
Tuy nhiên, tự chủ tài chính ở BV khác lĩnh vực khác. BS Tuyết nêu trường hợp một bệnh nhân vào cấp cứu, không có tiền, không có người thân thì BV vẫn phải cứu. Khi ra viện, bệnh nhân không có tiền thì BV vẫn cho bệnh nhân xuất viện. Mỗi tháng BV ký duyệt miễn phí hàng chục triệu đồng như vậy.